Історія відділу навчання географії та економіки бере початок з 1934 року, коли в науково дослідному Інституті педагогіки був створений відділ методики географії. Його очолив Костянтин Петрович Пяртлі. З 1945 по 1947 р. сектором методики географії завідував кандидат географічних наук І. П. Старовойтенко, а з 1947 по 1959 р. – О. Т. Діброва. За його авторством створено перший підручник з географії України, який витримав 16 видань. Нову сторінку в дослідженні проблем методики географії вписав Михайло Панасович Откаленко, який керував відділом з 1959 р. по 1980 р.
На початку 80-х відділ змінює назву на лабораторію методики викладання географії і її очолює Анатолій Йосипович Сиротенко – автор підручників, посібників, науково-методичних статей, заслужений діяч науки і техніки України, доктор педагогічних наук, професор. З 1993 по 1995 роки завідувачем лабораторії був Г. П. Пустовіт.
З 1995 по 2004 рік лабораторією керував О. М. Топузов. У цей період розроблялися науково-методичні засади відбору і реалізації змісту географічної освіти в середній і загальноосвітній школі. Було створено цілу низьку навчальних програм, посібників та підручників з географії. Почала створюватись наукова школа.
В різні роки в лабораторії працювали знані науковці (А. С. Волкова –організувала міський клуб вчителів-географів при Будинку вчителя «Гея», В. П. Корнєєв – автор підручників та методичних посібників, Л. І. Круглик – автор підручника «Географія» для 6-го класу, Л. В. Тименко – автор підручника для 10-го класу, Г. М. Ісаєва – учасник проектних технологій, О. П. Кравчук – автор навчальних програм для курсів за вибором).
З 2004 по 2008 роки завідувачем лабораторії стала перша жінка в історії розвитку відділу-лабораторії Тетяна Геннадіївна Назаренко. В цей час лабораторія називається – географічної і економічної освіти, а її науковими співробітниками розробляється дидактичне обґрунтування змісту та методики диференційованого навчання географії в основній школі, дидактичні основи навчання географії в загальноосвітній школі та методика навчання географії та економіки в профільній школі. В цей період було започатковано проведення щорічних науково-практичних конференцій із загальною темою «Шкільна географічна освіта: проблеми і перспективи». За результатами роботи видано три збірника матеріалів конференцій.
Після захисту докторської дисертації з теми «Методичні основи проблемного навчання географії в загальноосвітніх навчальних закладах» на посаду завідувача повертається О. М. Топузов.
Із 2012 р. лабораторію очолює кандидат педагогічних наук, старший науковий співробітник Олександр Федорович Надтока. В цей період активізувався процес створення підручників географії для основної школи, коли щорічно співробітниками відділу створювалися підручники географії. Серед авторів: О. М. Топузов, О. Ф. Надтока, Т. Г. Назаренко та інші науковці. Важливим доробком лабораторії стала Концепція географічної освіти в основній школі.
З 2015 року лабораторію реорганізовано у відділ навчання географії та економіки. З цього року наукова продукція відділу все більше набуває рис компетентнісної зорієнтованості. Про це свідчать підручники та посібники за авторством О. М. Топузова, О. Ф. Надтоки, Л. А. Покась.
З 2018 року відділом керує доктор педагогічних наук, старший науковий співробітник Назаренко Тетяна Геннадіївна.
Окрім наукової роботи співробітники відділу беруть участь у підготовці кадрів вищої наукової кваліфікації, в обговоренні та рекомендації до захисту завершених дисертацій, виконаних і в межах Інституту педагогіки, і в інших установах. Відділ підтримує тісні наукові контакти з багатьма вченими й освітніми установами України.